I naturreservatet Bergåsen görs ett fruktansvärt fynd i samband med renoveringen av ett gammalt torp. Under torpets golv hittas en trälåda som visar sig innehålla kvarlevorna av en treårig pojke, Linus Ingemansson, som varit försvunnen i över fyrtio år. Fyndet av barnskelettet leder till att den tidigare polisutredningen kring Linus försvinnande återupptas, liksom sökandet efter den sedan länge saknade fyraåriga flickan Lena Nilsson.
Det visar sig snart att spåren efter de försvunna barnen leder tillbaka till det forna tegelbruket i Kvicksund och de människor som arbetade och verkade vid bruket. I centrum för den grupp som utreder fallet finns enhetschef Ingrid Aronsson, som själv bär på en mörk historia om ett förlorat barn, och hennes yngre kollega, utredaren Erik Thulin, som brottas med att försöka kombinera yrkeskarriären med livet som småbarnsförälder. Ingrid, Erik och deras kollegor vid Eskilstunapolisen ställs snart inför en ytterst obehaglig kamp mot klockan när ytterligare ett litet barn försvinner.
De försvunna barnen är första delen i en deckarserie som utspelar sig i det idylliska samhället Kvicksund, beläget invid Mälaren på gränsen mellan Södermanland och Västmanland. Historien utspelar sig till största delen i nutid och berör moderna företeelser såsom gängkriminalitet, mobbning, missbruk och utsatthet, med återkopplingar till klasskillnader och orättvisor i det förgångna.